本发明公开了一种高内涵超分辨一体化显微成像系统及方法，该系统包括：超分辨显微成像照明模块、高内涵成像照明模块、照明光路切换装置、显微成像模块及自动扫描与对焦模块；所述照明光路切换装置用于将所述超分辨显微成像照明模块或高内涵成像照明模块切换进系统中。本发明同时具备高内涵成像和超分辨显微成像两种工作模式，具备智能细胞识别筛选与快速定位功能和二维、三维超分辨图像重构功能。本发明通过大视场显微物镜对样品进行毫米级的“宏观”图像观测，系统对高通量图像进行精准分区编码、智能细胞筛选及感兴趣区域自动标记定位；随后切换到超分辨显微成像模式，采用结构光照明显微成像技术获得超分辨图像。