本发明公开了一种光阑结构、其驱动方法及复眼成像系统，该光阑结构包括：相对设置的第一透明基板和第二透明基板，第一透明基板和第二透明基板之间具有多个阵列排布的可调透光结构，每一可调透光结构包括相对设置的第一透明电极和第二透明电极，以及位于第一透明电极和第二透明电极之间的液晶聚合物；其中，可调透光结构用于调节液晶聚合物的光透过比例或光透过面积。本发明提供的光阑结构能够对任意位置的液晶聚合物的光透过比例或光透过面积进行调节，在将该光阑结构应用在摄像头模组时，即入射至摄像头模组的任意位置的光束可调，可以提高摄像头模组的成像要求。