本发明公开了一种替代燃料在航空发动机中安全性的认证方法及其系统，该方法包括：基于航空燃料的历史经验数据和航空发动机的结构特征，获取与发动机系统安全性相关的关键安全参数，并建立从航空燃料到发动机系统关键安全参数空间的映射关系，利用此映射关系获取了使用替代燃料的发动机系统关键安全参数空间的工作区域，并通过敏感性分析对发动机系统关键安全参数进行分类并获得其测试条件。从而，基于大量历史经验得到了基于航空燃料的发动机系统关键安全参数的安全边界，做为判定准则对替代燃料的发动机系统关键安全参数区域进行安全性判定。本发明在降低认证流程燃料成本和时间成本基础上，提供了航空替代燃料认证所需的测试条件及验收准则。