本发明涉及一种基于SMS结构的锁模脉冲光纤激光器，包括泵浦源、波分复用器、偏振单模‑多模‑单模结构、输出耦合器、增益光纤、偏振无关隔离器；所述泵浦源与波分复用器连接；波分复用器与偏振单模‑多模‑单模结构连接，偏振单模‑多模‑单模结构与输出耦合器连接，输出耦合器与增益光纤连接，增益光纤与偏振无关隔离器连接，偏振无关隔离器与波分复用器连接，波分复用器、偏振单模‑多模‑单模结构、输出耦合器、增益光纤、偏振无关隔离器依次连接组成光纤环形腔结构。本发明将SMS结构与偏振控制器结合的方式实现全光纤锁模，简化了锁模结构与锁模器件的制作，与传统锁模光纤激光器相比，结构更加简单，紧凑，损伤阈值更高。