本发明公开了一种笼式结构激光扫描共聚焦显微成像系统及方法，主要包括：三维精密样品台、显微物镜、荧光显微镜筒、笼式结构光机组件、激光器、单模光纤、光纤分束器、二向色镜、滤光片、成像CCD、单光子探测器、脉冲计数器、符合仪等。显微系统主体采用稳定的笼式结构，由易安装的笼式结构光机组件组装而成，可对不同波长的激发激光和荧光做出优化；使用单模光纤进行空间滤波；使用单光子探测器和脉冲计数器对单光子水平的微弱荧光信号进行探测；使用符合仪对荧光光源进行单光子性质分析。本发明具有集成度高、占用体积小、易于安装与调试、操作和维护简便等优点，可以用于微弱荧光信号的高精度成像、单光子源的高效率收集与信号分析。