本发明公开了一种充液航天器系统的姿态控制和燃料晃动抑制方法。所述方法首先根据Lagrange-Euler方程建立充液航天器的系统模型，并得到系统的降阶模型，将降阶模型分成两个子系统分别进行设计。针对子系统一进行反馈控制设计，并将系统的状态作为子系统二的外部输入。针对子系统二（其表现为一个欠驱动系统的形式），先将其化为标准型，分析系统特性，然后采用一类适用于欠驱动系统的滑模控制方法进行控制器的设计。该发明能够在航天器贮箱内液体发生晃动的时候，实现航天器的姿态控制同时抑制液体的晃动，最终能够使整体航天器系统保持稳定，完成预定的作动目标，保证航天器的飞行安全。