本实用新型公开了一种用于共焦显微系统的控制装置，包括存放箱，所述存放箱的顶侧为开口设置，存放箱内活动安装有放置板，放置板的顶侧活动安装有控制器本体，控制器本体的两侧均设有活动安装在放置板顶侧上的夹持板，两个夹持板相互靠近的一侧分别与控制器本体的两侧相接触，夹持板远离控制器本体的一侧转动安装有两个支撑杆，两个支撑杆相互平行设置，两个支撑杆的底端均转动安装在存放箱的一侧内壁上。本实用新型结构简单，在进行控制器本体存放时，U型架将存放箱开口封住，存放在密闭的环境中，两个夹持板将其夹持，携带时不易晃动，防止控制器本体内部繁多的电子元器件因震动而松动，使用方便，满足了使用需求。