本发明提供一种带有电力失效补偿功能的磁悬浮分子泵电机控制装置，其主要包括单相可控整流模块、三相逆变模块、DSP控制模块、高压DC/DC模块、低压DC/DC模块。该装置正常运行时，DSP控制模块首先通过可控整流模块调节母线电压至起动电压值，然后控制三相逆变模块驱动永磁电机运行，并逐步提高母线电压至额定值，系统同时通过电压传感器监控外部交流电源，如果外部电力失效，那么DSP控制模块控制高压DC/DC变换器模块运行，并关闭可控整流模块和三相逆变模块，此时永磁电机进入发电模式，系统依靠电机回馈的能量通过高压DC/DC模块和低压DC/DC模块转化为磁轴承的功率电源和控制电源，实现磁悬浮分子泵系统在外部电力失效情况下的补偿功能。