本发明提供一种用于磁悬浮永磁电机控制系统的开关电源装置，其主要包括AC/DC模块、高压DC/DC模块、低压DC/DC模块以及电容组模块。该装置运行时，AC/DC模块和高压DC/DC模块的输出并联，作为磁轴承控制系统的功率部分电源和低压DC/DC模块的输入，低压DC/DC模块输出+5V、+15V以及±15V作为系统的控制部分电源。当外部电网失效时，开关电源装置的高压DC/DC模块能够继续依靠电机的回馈能量进行电压转换，继续为磁轴承系统提供电能，实现磁轴承的掉电保护功能。该发明不仅能够在正常工作情况下，对磁悬浮永磁电机系统提供控制所需电源，同时具备在外部电网掉电情况下，利用永磁电机回馈的电能为磁轴承控制系统提供电源的能力。