本实用新型公开了一种多功能微生物显微镜，包括底座，所述底座顶部外壁通过螺栓固定有固定座，且固定座顶部两侧内壁均通过螺栓固定有同一个镜壁，所述镜壁正面和背面外壁均通过螺栓固定有第一准焦螺旋，且镜壁一侧外壁通过螺栓固定有连接板，所述连接板的一侧外壁通过螺栓固定有镜筒，且连接板靠近镜筒一侧正面外壁设置有第二准焦螺旋，所述镜筒底部外壁通过螺纹连接有镜架，且镜架底部外壁开有三个连接孔。本实用新型有利于维持安装槽内的温度，且满足了部分微生物生存的条件，提高了整体装置的功能性，能够对载玻片进行固定，也避免了载玻片上的微生物切片被直接加热而导致微生物死亡的情况发生，提高微生物的安全性。