本发明公开了一种基于滤波器方差阵修正的多源信息非等间隔联邦滤波方法，具体步骤为：首先建立航空机载惯性导航系统与其他导航系统的融合无重置模式联邦滤波器，随后利用基于子滤波器方差阵修正的多源信息非等间隔联邦滤波方法，提高子滤波器滤波精度。以高空长航无人机为应用对象，结合实际传感器使用特点，设计了适用于高空长航无人机的INS/CNS/SAR/TER组合非等间隔联邦滤波实现方案。本发明能够在几乎不增加额外计算负担的情况下，通过修正子滤波器滤波方差阵来改善滤波器的融合精度，在保持无重置结构容错性强特性的同时，解决无重置联邦滤波器在应用于多源信息非等间隔滤波时的适应性问题，进一步提升系统导航精度，增强组合导航系统的鲁棒性。