本实用新型公开了一种多波段荧光显微镜的照明系统，包括n个不同的荧光模块和n个位于不同波段的LED灯，n个LED灯与n个荧光模块一一对应匹配，n为大于等于2的整数，照明系统还包括导杆、与导杆滑动连接的滑块、用于推动滑块沿导杆轴向滑动的拨杆和分光镜，n个荧光模块沿导杆轴向间隔设置在滑块上，n个LED灯分布在分光镜的周围，当一个荧光模块进入物镜光路时，对应波段的LED灯也同步照射到分光镜上，分光镜与该荧光模块匹配的LED灯的发光方向呈45度夹角，该LED灯发出的灯光经分光镜后沿水平方向照射到荧光模块上；优点是在保证低能耗和高使用寿命的基础上，操作过程简单，驱动荧光模块省时省力。