提供一种基于双目视觉的口腔3D显微系统，包括显微目镜、分光棱镜、镜头组、双目高速CCD相机系统、计算机图像处理系统、显微大物镜，通过显微目镜观察的物体实像经分光棱镜分光后分别呈左右两部分像，分光棱镜分光的左右两部分像经镜头组成像在双目高速CCD相机系统上，双目高速CCD相机系统模拟人眼双目视觉系统拍摄左右图像并传输给计算机图像处理系统，计算机图像处理系统采集双目高速CCD相机系统实时图像信息并进行左右图像匹配后形成实时动态三维图像。本实用新型采用双目视觉原理，医师通过显示器直接观察口腔动态3D图实施手术，无需佩戴外加设备，提高手术实时效率，缓解医师生理和心里负担，提高手术质量，减少医生在治疗过程中造成的身体损害。